Государственный надзор в области охраны и использования территории заповедника осуществляется должностными лицами ФГБУ «Государственный заповедник «Ханкайский», являющимися государственными инспекторами в области охраны окружающей среды.

На территории и в акватории заповедника запрещается любая деятельность, противоречащая задачам заповедника и режиму особой охраны его территории, установленному Положением о данном заповеднике.

Директор заповедника является главным государственным инспектором в области охраны окружающей среды ООПТ, его заместители - заместителями главного государственного инспектора.

В заповеднике создана оперативная группа, которая является постоянно действующим структурным подразделением учреждения, сформированным с целью повышения качества проводимых охранных мероприятий, направленных на защиту природных комплексов и объектов живой природы от антропогенного воздействия (в том числе нелегального природопользования), оперативного реагирования и контроля за соблюдением установленного режима заповедника и иных требований природоохранного законодательства.

В соответствии с законодательством Российской Федерации должностные лица ФГБУ «Государственный заповедник «Ханкайский», являющиеся государственными инспекторами в области охраны окружающей среды, имеют право:

- запрашивать и получать информацию и документы, связанные с соблюдением юридическими лицами, индивидуальными предпринимателями и гражданами требований законодательства Российской Федерации об особо охраняемых природных территориях;

- посещать расположенные на особо охраняемых природных территориях здания, помещения, сооружения и иные подобные объекты;

- выдавать юридическим лицам, индивидуальным предпринимателям и гражданам предписания об устранении выявленных нарушений требований законодательства Российской Федерации об особо охраняемых природных территориях, о проведении мероприятий по обеспечению предотвращения вреда животным, растениям и окружающей среде, соблюдения режимов особо охраняемых природных территорий;

- составлять протоколы об административных правонарушениях, связанных с нарушением законодательства Российской Федерации об особо охраняемых природных территориях, рассматривать дела об указанных административных правонарушениях и принимать меры по предотвращению таких нарушений;

- направлять в уполномоченные органы материалы, связанные с нарушением законодательства Российской Федерации об особо охраняемых природных территориях, для решения вопросов о возбуждении уголовных дел по признакам преступлений;

- запрашивать в целях проверки у граждан, находящихся на территории заповедника, разрешение на право пребывания на территории заповедника;

- запрашивать в целях проверки у юридических лиц, индивидуальных предпринимателей документы на право осуществления природопользования и иной деятельности на территории охранной зоны;

- задерживать на территории заповедника и его охранной зоны граждан, нарушивших законодательство Российской Федерации об особо охраняемых природных территориях, и доставлять указанных граждан правоохранительные органы;

- производить на территории заповедника и его охранной зоны досмотр транспортных средств, личных вещей граждан;

- изымать у граждан, нарушивших законодательство Российской Федерации об особо охраняемых природных территориях, продукцию и орудия незаконного природопользования, транспортные средства и соответствующие документы;

- пользоваться также установленными лесным законодательством Российской Федерации правами должностных лиц, осуществляющих федеральный государственный лесной надзор (лесную охрану);

- применять специальные средства - наручники, резиновые палки, слезоточивый газ, устройства для принудительной остановки транспорта, служебных собак;

- при исполнении служебных обязанностей хранить, носить и применять служебное огнестрельное оружие.

Путем патрулирования вверенной им территории работники отдела охраны окружающей среды заповедной территории осуществляют контроль за соблюдением природоохранного режима заповедника и его охранной зоны, обеспечивают пресечение нарушений, выявление и наказание нарушителей.

Инспекторами отдела охраны окружающей среды на заповедной территории ведется работа по охране леса от пожаров, а именно создание минерализованных полос, противопожарных разрывов, расчистка водоемов, подготовка противопожарной техники, оборудования и инвентаря к пожароопасному сезону. На кордонах заповедника обустроены пункты сосредоточения противопожарного инвентаря. Систематически осуществляется пожарный мониторинг, как с помощью наземного патрулирования, так и с использованием системы космического мониторинга лесных пожаров. Государственные инспектора в области охраны окружающей среды также принимают непосредственное участие в тушении природных пожаров на территории заповедника.

Сотрудниками отдела охраны окружающей среды на заповедной территории непрерывно проводится индивидуальная и массовая разъяснительная работа среди местного населения по вопросам обеспечения режима охраны территории заповедника и его охранной зоны.